Fondé à la XVIIIe dynastie, sous Thoutmosis III, le temple actuel de Kôm Ombo a été commencé sous le règne de Ptolémée VIII Evergète II ; il a été achevé à l'époque romaine, sous les empereurs Tibère, Domitien et Caracalla, qui firent élever deux chapelles externes consacrées respectivement à Hathor et à Sobek.

Ce qui distingue Kôm Ombo de tous les autres temples égyptiens, c'est qu'en réalité il contient deux sanctuaires, séparés sur toute leur longueur et dédiés à deux divinités différentes : Sobek, le dieu à tête de crocodile, et Haroéris, "Horus l'ancien" le faucon.

Les deux moitiés parrallèles du monument ont chacune leur entrée, mais elles communiquent transversalement.

Dans la théologie locale, Haroéris appartenait à une triade qui réunissait Tasenetnefret, son épouse, et leur fils Panebtaouy ; il en était de même avec Horus et Khonsou.

A l'extérieur de l'enceinte en briques crues, on a retrouvé les restes d'un puits de l'époque ptolémaïque, un mammisi et une petite chapelle d'Hathor qui contenait des centaines de momies de crocodiles consacrées à Sobek et provenant d'une nécropole qui leur était réservée.

Temple de Sobek et Haroéris à Kom Ombo